El deportivo Pasto siguió en los campeonatos dándoles guerra a todos los equipos de Colombia, llegando así a competir por la copa Colombia.

Subcampeón de la Copa Colombia

En la segunda reedición de la Copa Colombia, el torneo oficial que enfrenta a los clubes de las categorías Primera A y Primera B. El Deportivo Pasto, de la mano de Jorge Luis Bernal, en la primera fase, terminó segundo en el grupo E, con 17 puntos, a uno del líder Quindío. En el grupo enfrento a Deportivo Cali, América de Cali, Deportes Quindío,Depor Fútbol Club y Cortuluá.

En segunda fase derrotó al Atlético Huila, 7-6 en tiros desde el punto penal, luego de terminar 2-2 en marcador global pasando a cuartos de final para enfrentar a Santa Fe, ganando la serie 4-3, el partido de ida en el Libertad el Pasto ganó 3-1 y en la vuelta perdió 2-1, marcador que dio la clasificación a ambos equipos, ya que Santa Fe logró su cupo a semifinales como el mejor perdedor.

En semifinales, el Deportivo Pasto salió victorioso frente al Junior en los dos encuentros disputados, en casa ganó 3-1 y en Barranquilla 1-2, clasificando a la final donde enfrentó a Santa Fe, que derrotó a Atlético Nacional en el otro juego de semifinales.

La primera final se jugó en el Estadio Libertad el 11 de noviembre con resultado favorable 2-1, para el Deportivo Pasto, anotaron Omar Rodríguez y Hugo Pablo Centurión para el Pasto y Yulian Anchico por Santa Fe. El partido de vuelta se disputó una semana después el 18 de noviembre con idéntico marcador 2-1, pero esta vez favoreciendo a los locales que lograron empatar la serie en los minutos finales por vía de pena máxima, luego que el central Francisco Peñuela, cobrara una falta dentro del área cometida porGermán Centurión. El juego se definió en los cobros de tiro penal, con triunfo 5 a 4 para el Santa Fe. En la serie fallaron Hugo Pablo Centurión, Andrés Mosquera, Germán Centurión y Oscar Altamirano para el Deportivo Pasto.

Fue por poco que el deportivo Pasto la pudo conseguir.