2009: EL DESCENSO.

Después de pasar once años consecutivos en la primera categoría, el equipo cayó en una debacle institucional y deportiva, los promedios de los últimos tres años (2007-2009), llevaron al Pasto al descenso en la temporada 2009.

Todo comenzó en la temporada 2008, con Miguel Prince en el banco. A pesar de haber terminado quinto en el pasado campeonato y con solo la ausencia de Carlos Hidalgo del anterior equipo, las malas contrataciones hicieron efecto en el equipo, terminando 16° en el Apertura. La llegada de pobres contrataciones como la de los veteranos David Montoya y Leonardo Fabio Moreno, en el apertura y Oscar Villareal en el finalización fueron una de las causas del debacle del equipo. Tras la salida de Prince, para el finalización 2008, llegó Jorge 'el patrón' Bermúdez, que tuvo un desafortunado paso, solo seis puntos de 21 posibles dieron su salida, llegó en su remplazo, Bernardo Redín pero no pudo levantar al equipo y de nuevo se terminó en la casilla 16° y el fantasma del descenso empezó a rondar al terminar último de la reclasificación del año.

Para la temporada 2009, el Pasto, partió 15° en la tabla del descenso a 8 puntos del Pereira, último de la tabla. Continuo,Bernardo Redín como técnico e Iván Erazo tomo su papel como Presidente del equipo tras la renuncia de Norman Bracht (Q.E.P.D), que estuvo pocos meses en el cargo. Otra mala conformación de la nómina, y la falta de recursos económicos en las arcas del equipo, hicieron que el equipo se viniera a pique. Se reforzó al equipo con jugadores veteranos como,Orlando Ballesteros, Víctor Pacheco, Néstor Salazar y Carlos Castillo que hicieron un penoso paso, siguiendo la mala racha que llevaba el equipo y por tercer campeonato consecutivo se terminó en el 16° puesto y en lugar de promoción, a un solo punto del descenso directo.

Jorge Luis Bernal, llegó como técnico, para sacar de la mala racha al equipo, y renovando en casi toda la nómina, formó un gran equipo para el finalización del 2009. Llegaron entre otros, Julián Mesa, Alex del Castillo, Omar Rodríguez, Hugo Pablo Centurión y Carlos Daniel Hidalgo como refuerzos. El equipo empezó a ilusionar a la hinchada por su gran juego y contundencia, manteniendo una regularidad que no se tenía en mucho tiempo, incluso llegó a la fase final de la Copa Colombia. Pero el camino parecía estar escrito y no tener salida, una mano oscura estaba rondando, los malos arbitrajes empezaron a hacer mella en los resultados del equipo, en la fecha 13, enfrentando al Atlético Huila, el juez, Oscar Gutiérrez, pito un penal inexistente a favor de los visitantes comenzando el juego y al final solo se pudo rescatar un empate. Luego vino un desastroso partido en Cali (0-3), pero el Pasto tenía la oportunidad de zafar del descenso directo, recibiendo en la fecha 15, al Real Cartagena. El ambiente era tenso en el Libertad, el Cartagena quiso mantener el empate, replegándose atrás y perdiendo tiempo, exasperando a la hinchada que ya se mostraba áspera, arrojando objetos al terreno de juego. El empate mantenía con vida, al Cartagena, pero en los minutos finales, Hidalgo anotó dando el el triunfo al Pasto, faltaban segundos para terminar el partido y ya corría el minuto de reposición, pero en un tiro de esquina, sorpresivamente el Juez de línea, Alejandro Gallego cae al piso, por una supuesta agresión desde la tribuna Norte del Estadio Departamental Libertad, el árbitro Óscar Ruiz da por suspendido el partido por falta de garantías transcurridos 91 minutos. El resultado del partido quedo en vilo y días después, la comisión disciplinaria de la Dimayor decidió aplicar el artículo 83 del reglamento, determinando la pérdida de los puntos para el Pasto y dar el marcador favorable a Cartagena de 3-0, pese a los reclamos de la directiva de Pasto que alegó que el juez de línea simuló la agresión.

Los puntos perdidos hicieron que el Pasto cayera de la segunda posición del Finalización al décimo lugar y en el último puesto en la tabla del descenso a un punto del Pereira. Aunque faltaban tres fechas, después de dicho partido, para concluir en campeonato. El equipo perdió la concentración, sintiendo el golpe por la perdida de puntos y con dos derrotas consecutivas, primero ante Chicó en Tunja y luego ante Santa Fe en el Estadio Libertad, el 8 de noviembre de 2009, día en que los dirigidos por Jorge Luis Bernal descendieron a la segunda división.